继元而起的明朝，虽然承前朝之余荫，顺利地接收了元朝统治西藏近百年这份宝贵的遗产，从制度上确立了其对西藏地区的统治。然而，明朝作为推翻胡人政权后建立起来的汉人政权，再次祭起“怀柔远夷”这面旗帜，将它作为其与包括西藏在内的周边民族交往之根本理念，希望借助广封多建来制驭夷狄，不为边患。是故，明朝之中国已不复元朝时夷夏杂居、天下一家的局面。“严夷夏之辨”重新成为明代汉族士人口头的常用语。明代之汉藏关系便整个地于“怀柔远夷”这个框架下展开。元末明初，番僧曾被普遍认为是元朝速亡的祸根，故明初的皇帝曾口口声声要以此为鉴，然而出于招徕远人之需要，他们不但没有将番僧拒之于千里之外，反而是大肆招徕，宠遇有加。遂使京城内外居有数千番僧，新修藏传佛寺层出不穷。他们对番僧和其所传教法的热爱比起前代来是有过之而无不及。藏式佛事、跳步叱等已成为宫中时祭、庆典中的常项，京城中有专门的番经厂刻印藏文佛经，分发汉地、西番和蒙古各寺。明永乐年间开始刊刻的西藏文大藏经至今仍是西藏文大藏经中最早、最权威的刻本。明代民间习密法、喜番教者之多竟使兜售藏式佛教法器成为京城内外一项有利可图的买卖。于元朝臭名昭著的欢喜佛、双修法等藏传佛教之图像与仪轨不但没有绝迹中原，反而流传日广。藏式佛事亦已成为京城内外达官贵人家婚丧喜事中一项特别令人注目的内容。然而亦正是从“怀柔远夷”和“严夷夏之辨”这种话语出发，明代士人既无心于“以夏变夷”，更不忍见“夏变于夷”，故不遗余力地排斥番僧、番教。不管是将朝廷优待番僧、推崇番教的行为诠释为政治利用，还是将番教说成是以神通骗人的方伎邪术、蛊惑圣主之心的“鬼教”“秘密法”，或者是为佛教之异端的“喇嘛教”，其目的都是为了否定深为朝野所喜的番教之宗教、文化意义，从而将西番牢牢地固定在“化外远夷”的位置上。